Pour pouvoir s´acquitter convenablement de sa mission constitutionnelle, la Cour Supérieure des Comptes et du Contentieux Administratif (CSCCA) s´est dotée de plusieurs Directions, Cellules de Contrôle, Coordination, Unités et Services. Il s´agit notamment de :
- La Direction du Contrôle des Comptes
- La Direction des Comptes Généraux
- La Direction des Bureaux Départementaux
- La Direction des Ressources Humaines
- La Direction des Affaires Internationales et du Protocole
- La Direction de l´Apurement des Comptes
- La Direction des Collectivités Territoriales
- La Cellule de Contrôle des Organismes Autonomes
- La Cellule de Contrôle des Ressources Publiques
- L´Unité de Contrôle Interne
- L´Unité d´Organisation, de Méthodes et d´Informatique
- Le Service de l´Inventaire.