Le Conseil se réunit en séance ordinaire chaque mercredi à 10 h.00 et organise au besoin des séances extraordinaires. Sur la base d´un ordre du jour, les conseillers débattent des sujets proposés et convenus, et prennent des résolutions diverses sur les correspondances reçues, les dossiers administratifs, le fonctionnement du tribunal et les questions d´intérêt général.

Il revient alors au Bureau composé du Président et du Vice-Président d´assurer l´exécution et le suivi des décisions collégiales adoptées en Conseil.

a) Champ de contrôle

La Cour contrôle toutes les institutions publiques et les organismes de droit privé recevant des subventions de l´Etat.

b) Procédure et moyens de l´exercice du contrôle

Étant une institution indépendante, elle choisit collégialement et librement son programme de travail annuel et les institutions qu´elle va auditer en fonction du budget qui leur est alloué par l´Etat. Elle est indépendante des instances qu´elle contrôle, condition essentielle à l´accomplissement efficace et objective, et sans influence extérieure, de ses attributions.

Pour mener ses missions d´audit, la Cour dispose de comptables vérificateurs et contrôleurs assermentés et tenus au secret de fonction. Ce contrôle financier de la gestion des différentes administrations de l´Etat, des Organismes Autonomes et des Collectivités Territoriales est assuré au quotidien par des Commissions dépêchées sur les lieux avec des feuilles de route spécifiques.

c) Types de contrôle

La Cour réalise des audits de légalité en s´assurant de la conformité des activités et opérations comptables des Institutions publiques liées à l´utilisation des fonds publics avec les instruments légaux.

La Cour opère également des audits de performance en examinant si les résultats constatés correspondent aux moyens déployés pour les atteindre et aux objectifs poursuivis afin d´améliorer la gestion interne au moindre coût. À cet égard, elle ne se prononce pas sur le bien-fondé des politiques publiques mises en place par le gouvernement. Elle veille plutôt à l´économie en matière d´acquisition et d´utilisation des ressources. Bref, elle ne questionne pas l´opportunité des dépenses mais leur efficacité. Ainsi, dans son rapport sur la situation financière du pays et sur l´efficacité des dépenses publiques, la Cour consigne ses constatations et observations, et ses conclusions sont assorties de recommandations. La Cour met donc à la disposition du parlement l´information financière et celle sur la performance en vérifiant l´optimisation des ressources pour la reddition des comptes des ministres et du premier ministre.

Autrement dit, en évaluant les politiques publiques, la Cour cherche à savoir si les ressources confiées aux gestionnaires ont été administrées sans gaspillage, de façon efficiente et efficace.

d) But du contrôle

Les travaux de vérification financière sont présentés dans un rapport d´audit assorti d´observations et de recommandations à l´institution concernée pour améliorer sa gestion interne.

Les vérificateurs, contrôleurs et enquêteurs de la Cour ne doivent pas subir d´influences tant de l´intérieur que de l´extérieur lorsqu´ils produisent leurs rapports. Toutefois, le caractère contradictoire de la procédure en matière juridictionnelle étant posé par les articles 8 et 25 de la Convention américaine relative aux droits de l´homme de 1948 et du Pacte international relatif aux droits civils et politiques de 1966, auxquels Haïti est partie, les contrôlés doivent réagir sur ces derniers.

Dans sa mission de jugement des comptes publics, ces rapports permettent également à la Cour de juger les comptes des gestionnaires de deniers publics. La Cour met jeu la responsabilité des gestionnaires de deniers publics et déclare leurs comptes en débet lorsque leur gestion est en porte à faux avec les règles et principes gouvernant les finances publiques.

Actuellement sur le plan juridictionnel, les conseillers de la CSCCA sont répartis en six Collèges de Jugement dont trois Chambres des affaires administratives et trois Chambres des affaires financières composées chacun d´un président et de deux juges.  

En matière administrative, les Chambres connaissent des litiges opposant l´administration aux agents publics ou à des personnes physiques ou morales liées à l´Etat par des contrats de travaux, de fournitures, de prestations intellectuelles et de service, sur convocation à l´audience des parties par le Greffe.

En matière financière, les Chambres statuent sur les rapports de vérification de la gestion des ordonnateurs et comptables de deniers publics relevant de leur juridiction, lesquels rapports sont préparés par des Vérificateurs faisant partie de la Cellule d´Instruction et de Vérification, traditionnellement appelée Direction de l´Apurement des Comptes.

Le Conseil nourrit le projet de faire fonctionner à bref délai et progressivement des tribunaux administratifs et financiers de première instance dans les Départements géographiques et des Cours administratives et financières d´appel dans les régions du pays. Ce qui aura la vertu de transformer les Bureaux Départementaux en Chambres de Jugement.

À noter, enfin, que le décret de 2005 établissant l´organisation et le fonctionnement de la CSCCA charge le Sénat d´auditer les comptes et les travaux de la Cour (Art. 62).